นคท.ได้เริ่มต้นขึ้นจากกลุ่มนักศึกษาคริสเตียนเล็กๆที่รั้วจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พวกเขาเหล่านั้นเกิดความกระตือรือร้นที่จะเป็นพยานของพระเยซูคริสต์ในมหาวิทยาลัยของพวกเขา และด้วยความช่วยเหลือจากมิชชั่นนารีที่เข้ามาเป็นอาจารย์ในสถาบันเดียวกันนั้น พวกเขารวมตัวกันศึกษาพระคัมภีร์อย่างเอาจริงเอาจัง เป็นพยานกับเพื่อนๆถึงข่าวประเสริฐของพระเยซูคริสต์ มีใจอธิษฐานและหนุนใจเพื่อนคริสเตียนด้วยกันให้เป็นเกลือและแสงสว่าง ต่อมามีเพื่อนจากหลายคณะและแพร่ไปถึงมหาวิทยาลัยอื่นๆ จนกระทั้่งปี 1971 ได้เริ่มต้นมีคณะกรรมการนักศึกษาคริสเตียนขึ้นเป็นครั้งแรก และได้เริ่มต้นกลุ่มนิสิตนักศึกษาคริสเตียนไทย โดยใช้ชื่อย่อว่า นคท. ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ในปีการศึกษาเดียวกันนั้น นคท.ได้เริ่มต้นงานนักเรียนขึ้นเป็นครั้งแรกที่โรงเรียนเตรียมอุดมศึกษา

นคท. นอกจากจะเป็นตัวของนักเรียนนักศึกษาที่อยู่ในสถาบันการศึกษาแล้ว นคท.ยังทำหน้าที่เป็นองค์กรคริสเตียนที่ทำพันธกิจกับนักเรียน นักศึกษา และผู้สำเร็จการศึกษาในชื่อของ “สมาคมนักศึกษาคริสเตียนไทย ” (นคท.) ทำหน้าที่ในการส่งเสริมนักเรียน นักศึกษาคริสเตียน ให้สามารถทำบทบาทของตนเองในการเป็นเกลือและแสงสว่างในสถาบันของตน โดยการหนุนใจให้เกิดการรวมตัวขึ้นภายในสถาบันเพื่อที่จะมีโอกาสได้เสริมสร้างและพัฒนาชีวิตผ่านการศึกษาพระคัมภีร์ร่วมกัน นอกจากนี้ยังหนุนใจให้กลับไปมีส่วนในการรับใช้พระเจ้าที่คริสตจักรท้องถิ่นซึ่งตนเองได้นมัสการอยู่ เหมือนปณิธานที่ว่า “ประกาศความรอด สร้างสาวก เสริมคริสตจักร” นั่นเอง